Eu tive uma experiência excelente com o livro
Robert S. Liptser e Albert N. Shiryaev - Statistics of Random Processes I, 2000.
Uma outra sugestão é
Ioannis Karatzas (Author), Steven Shreve - Brownian Motion and Stochastic Calculus , 1991.
Uma opção interessante e intuitiva sobre o assunto é B. Øksendal - Stochastic Differential Equations: An Introduction with Applications. A crítica que tenho sobre essa referência que algumas das provas dos teoremas são encurtadas (removendo os detalhes), pois o foco dele é principalmente na intuição. Tem alguns tópicos importantes que também não aparecem nesse livro e é comum em vários outros.