Existe um número grande de livros e provavelmente qualquer resposta esteja esquecendo alguma referência importante. Mas eu especialmente sugiro:
Network Science - Albert-László Barabási: Esse livro é uma introdução fantástica ao tema que só será publicada em 2016, mas á está disponível na página do autor.
Networks: An Introduction - Mark Newman: Esse livro é uma referência mais avançada, que inclusive apresenta detalhes sobre a parte computacional.