A sua pergunta não é trivial, pois esse é um tópico ainda está em desenvolvimento, existem muitas soluções e a resposta não está disponível em apenas um lugar.
Tendo dito isso e o fato que você mencionou stata em um dos tags, eu sugiro que você dê uma olhada no estimador do Stata xtlsdvc.
As referências sobre esse assunto são:
Bruno, G., 2005, Approximating the bias of the LSDV estimator for dynamic unbalanced panel data models, Economics Letters , 87, 361-366.
Bruno, G., 2005b, Estimation and inference in dynamic unbalanced panel-data models with a small number of individuals, Stata Journal , 5(4), 473-500.
De qualquer forma, acho que vale a pena você dar uma olhada também no artigo que considera uma outra alternativa:
Lokshin, B. Further results on bias in dynamic unbalanced panel data models with an application to firm RD investment. Applied Economics Letters, v. 16, 1227-1233, 2009. Não tenho certeza se esse estimador já está implementado de forma pronta para o usuário em nenhum lugar.
Finalmente, uma excelente referência sobre esse assunto é o livro do Baltagi:
Econometric Analysis of Panel, 2013 (Quinta Edição).