Eu acredito que no Brasil não existem escolas de economia com grandes grupos de econometria - o que existem são pessoas competentes nessa área. Dessa forma, eu responderia a primeira parte dessa pergunta sugerindo você escolher um centro pela qualidade do centro e a qualidade do grupo de econometria provavelmente será proporcional aquela do centro em média. Se seu interesse específico for forecasting com séries temporais, eu consideraria olhar o que Professor Marcelo Medeiros da PUC-Rio está fazendo (mas acho que o foco dele não é aplicações necessariamente em macroeconomia). Acho que não existem muitas pessoas que aplicam econometria em macroeconomia no Brasil. Os poucos macroeconometristas que conheço são João Victor Issler da EPGE (FGV-Rio) e José Angelo do Amor Divino (Univ. Católica de Brasília) [mas não sei se eles trabalham com previsão].
Nosso grupo aqui da UnB não tem histórico constante de aplicação de econometria explicitamente em Macroeconomia (que eu saiba), mas no passado já fizemos aplicação em por exemplo em forecasting da estrutura a termo da taxa de juros (que é um tema tipicamente estudado por Macroeconomistas, mas também por financistas): Forecasting the yield curve for the Euro region e Combining term structure of interest rate forecasts: The Brazilian case. É válido mencionar que atualmente estou orientando conjuntamente com o Professor Roberto Ellery um aluno de doutorado sobre o tema: minha co-orientação está na parte de previsão e a do Roberto mais voltada para Macro.
Finalizando, sobre Machine Learning, além do nosso, não conheço nenhum grupo em departamento de economia interessado no assunto.
Se você tiver interesse em Previsão, talvez tenha interesse nessa pergunta.