Os pdflatex e latex são implementações diferentes de programas com o mesmo propósito, isto é, compilar um texto em latex. Entretanto, embora tenham o mesmo propósito, nem todos os pacotes do latex funcionam bem com os dois. Eu particularmente tenho tido mais experiência com o latex e sei que existe algumas vantagens de usar essa compilação:
(1) Acredito que ainda seja a compilação default.
(2) Usar imagens em eps. Não tenho certeza sobre esse ponto, mas acho que não é possível (ou pelo menos direto) usar eps na compilação do pdflatex. Lembre que vários periódicos preferem figuras nesse formato.
(3) A compilação é muito mais rápida. Isso pode fazer diferença em documentos longos como por exemplo livros.
Existem também pacotes mais específicos que funcionam com a compilação pdflatex. Eu lembro agora do hyperef, mas provavelmente existem outros.
Seria legal receber alguma resposta de pessoas mais experientes com o pdflatex.