Eu tento seguir os seguintes passos:
1) Não olhar os nomes dos autores para não ser influenciado. [Fazendo isso, certa vez fui criticado por um editor por ter rejeitado o paper de um cara conhecido]
2) Ter certeza que tem domínio suficiente do tema e da literatura.
3) Ter a percepção que o limiar de aceitação é fortemente influenciado pela qualidade da revista. Por exemplo, você não deve dar o parecer para uma Brazilian Review of Econometrics com o mesmo nível de exigência que você daria para a Econometrica. [Parece óbvio, mas esse é um erro comum.]
4) Não haver nenhum conflito de interesse. Se você disputa recursos com o autor do artigo (e você sabe quem é), vc não deve dar parecer para um artigo dele.
5) Dar sugestões claras e factíveis no caso de aceitação ou mostrar claramente porque o artigo não deve ser aceito.