Na minha humilde opinião, é difícil indicar apenas um pacote. Sendo assim, eu listo alguns dos pacotes mais interessante que já utilizei:
a) Pacote hyperref combinado com o backref, ambos propostos por Heiko Oberdiek: Esses pacotes são responsáveis por habilitar hyperlinks ao longo de todos arquivo e indicar quantos vezes uma referência foi citada ao longo do texto e em que página foi citada;
b) Pacote pstrick, proposto por Herbert Voss : Esse pacote permite a criação de figuras em Post Script; e
c) Pacote catchfilebetweentags, proposto por Florent Chervet: Permite captar partes de código (TeX) entre diferentes arquivos.